לידת יוחנן המטביל מצאנו מספיק רמזים במקרא וראינו איך מחברי הברית החדשה, בעיקר מתי, מבססים את לידת ישו לבתולה ואל, על הכתוב הספציפי בישעיהו ועל ההקשר כולו. בעצם, לכאורה סיפור לידתו של ישו מבוסס על הספרות המקראית. מצד שני, הרעיון הוא לא הולם את היהדות בימי בית שני. המחשבה שאל ובת אנוש יזדווגו באופן כלשהו ויולידו צאצא היא לא מאפיינת את היהדות בימי בית שני. מחברי הברית החדשה היו יהודים, החשיבה שלהם היא יהודית. כאן ייתכן שיש השפעה פגאנית
מהמיתולוגיה היוונית/רומית וכו.' בשנת 1999 שני חוקרים בשם תימוטי פריק ופיטר גנדי כתבו ספר,
בו הם מנסים להראות איך סיפור לידתו של ישו למעשה מבוסס על סיפור האל הידוע דיוניסוס ביוון.
הם מצביעים על קווי דמיון בין שתי הישויות האלוהיות הללו. דיוניסוס נולד ב25- בדצמבר, כמו ישו. שניהם מתו וקמו לתחייה ביום השלישי. הם נולדו במקום צנוע ומאמיניהם נולדים מחדש באמצעות
טבילה. להבנתם של החוקרים, סיפור לידתו של ישו נטוע בעולם הפגאני ובמיתוסים הלא יהודיים. ייתכן שיש כאן מלכתחילה השפעה פגאנית ולאחר שישו הובן כאל, הלכו מחברי הברית החדשה
למקרא וחיפשו סימוכין מהתנ"ך עצמו.
ישו הוא לא היחיד בברית החדשה שנולד באופן פלאי ועל טבעי. ישנו גיבור נוסף שנולד באופן על טבעי, לכאורה. זהו יוחנן המטביל, שהפך להיות הנביא, הקול הקורא במדבר שמבשר את בואו של ישו. על יוחנן המטביל אנחנו יודעים בעיקר ממה שמסופר עליו בברית החדשה, אם כי יוסף בן מתתיהו מזכיר אותו בפסקה קטנה, כאדם צדיק שנרצח בידי הורדוס. עד כמה שאנחנו יכולים לשער עפ"י הברית החדשה, יוחנן המטביל היה סגפן ומטיף כריזמטי, אשר היו לו הרבה חסידים, תומכים ונאמנים. הוא הסתובב במדבר יהודה ולא ברור אם בעבר הירדן המערבי או אם בעבר הירדן המזרחי. יש המזהים תכונות אופי מקבילות בינו לבין האיסיים, הכת היהודית שפרשה והתיישבה
במדבר יהודה ויש הטוענים שהוא פעל בעבר הירדן המזרחי.
איסיים – שם של קבוצה שמתוארת בכתביו של יוסף בן מתתיהו. החוקרים מזהים אותם עם כת מדבר יהודה, או כת קומראן. בשנת 1947 רועה בדואי הסתובב במדבר יהודה, נכנס למערה ומצא כדים שבתוכם מגילות קומראן. אח"כ נערכו חיפושים באזור ונמצאו בתוך 11 מערות שונות כדים עם המון טקסטים. הטקסטים האלו ידועים בתור מגילות מדבר יהודה, או מגילות קומראן. הרבה מהן מכילות עותקים של ספרי המקרא. מגילות אחרות הן מגילות תקופתיות. חלק מהן נכתבו לשימוש
פולחני של הכת, כמו מגילת פזמונים, מגילת הודיות. חלק מהמגילות תיארו את הכת עצמה, חלק צפו
את מלחמת בני האור )חברי הכת( בבני החושך. לפי מה שיוסף בן מתתיהו מספר על האיסיים, מזהים אותם עם חברי הכת הזו. חברי הכת קראו לעצמם לפעמים "עצת אנשי היחד," או "היחד," או "עצת היחד." ההנחה היא שהאיסיים זה תעתיק ליוונית של המילה "עצה." יש הרבה חוקרים
שמוצאים נקודות הקבלה בין יוחנן המטביל ובין חברי הכת הזו, אבל אף אחד לא חושב שהוא היה באמת חבר הכת, משום שהם חיו בקבוצה נבדלת, מתבודדת במדבר, הם לא הטיפו או ניסו לגייס
מאמינים. הם פשוט קיימו את אורח החיים הסגפני שלהם במדבר, ברחו מידיו של הכהן בירושלים. יוחנן בטוח לא היה אחד מחברי הכת. יכול להיות שהייתה התאמה בין התפישות של חברי הכת ובין
תפישותיו של יוחנן המטביל.